No hay influencias neoplatónicas en el Evangelio de San Juan, entre otras cosas porque el neoplatonismo (siglo III d.C) es posterior al Nuevo Testamento. Aunque el Nuevo Testamento parece estar influido por la filosofía griega por estar escrito en griego (el Logos en griego no es el Logos filosófico sino la Palabra de Dios del Antiguo Testamento). En general, las investigaciones de las últimas décadas han demostrado que el Nuevo Testamento es de raíz judía y no griega.
Sin embargo, la filosofía cristiana se mezcló rápidamente con la filosofía griega. Aunque Tertuliano lo negara «¿Qué tiene que ver Atenas con Jerusalén?, la mayoría de Padres de la Iglesia expresaron el mensaje evangélico en términos de filosofía clásica.
Esto llega hasta San Agustín y, en la Edad Media, Santo Tomás de Aquino, que sigue siendo la base de la teología católica. Contra esto reaccionaron con el nominalismo, Pedro Abelardo, Occam, Lutero y Calvino, los últimos dos fundamentos de la filosofía protestante. También basándose en el nominalismo y desechando a Santo Tomás de Aquino, Descartes funda la filosofía moderna.
Així teniu una visió de les grans línies